在调试FPGA电路时要遵循必须的原则和技巧，才能降低调试时间，防止误操作损坏电路。通常情况下，能够参考以下步骤执行 FPGA硬件系统的调试。

（1）最先在焊接硬件电路时，只焊接电源部分。运用万用表执行 测试，排除电源短路等情况后，上电测量电压能不能正确。
（2）然后焊接FPGA及相关 的下载电路。再次测量电源地之间能不能有短路现象，上电测试电压能不能正确，然后将手排除静电后触摸FPGA有无发烫现象。
假如此时出现短路，通常是去耦电容短路造成，所以在焊接时通常先不焊去耦电容。FPGA的管脚粘连也可能造成短路，这时须要比较电路图和焊接仔细查找有无管脚粘连。
假如出现电压值错误，通常是电源芯片的外围调压电阻焊错，或者电源的承载力不够造成的。若是后者，则须要选用负载能力更强的电源模块执行 替换。假如 FPGA的I/O管脚与电源管脚粘连，也可能出现电压值错误的现象。
假如出现FPGA发烫，通常是出现总线冲突的现象。这种情况下须要仔细检验外围总线能不能出现竞争疑问。特别是多片存储器共用总线时刻，比如ASRAM和Flash芯片复用一套总线，假如片选信号同时有效就出现总线的冲突。
（3）以上步骤均议决后，将电路板上电运行。然后把下载电缆接到JTAG接口上，在主机中运行Quartus II软件，并打开Programmer编程器，单击其中的“Auto Detect”按钮执行 FPGA下载链路自动检测。若能正确检测到FPGA，表明配置电路是正确连接的。
自动检测FPGA下载链路如图所示。

4）焊接时钟电路、复位电路及数码管电路，并向FPGA下载一个数码管跑马灯程序。若程序能够正确运行，表明 FPGA已经能够正常工作了。
（5）结尾焊接所有其他电路，并执行 整体功能测试。