细菌纳米孔打开数据存储的未来具有超高密度携带便利等优势

 到2020年,全世界每个人每秒将产生约1.7兆字节的数据。在短短的一年内,便可达到了418 ZB相当于4180亿个1 TB硬盘。


目前,我们在长达一个世纪的磁性或光学系统中将数据存储为1和0。同时,数据中心消耗大量能源并产生巨大的碳足迹。简而言之,我们存储不断增长的数据量的方式是不可持续的。


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DNA作为数据存储


但是还有另一种选择:将数据存储在生物分子(例如DNA)中。在自然界中,DNA在微小的空间(细胞,细菌,病毒)中编码,存储和读取大量的遗传信息-并且这样做具有高度的安全性和可重复性。


与传统的数据存储设备相比,DNA更持久,更紧凑,可以保留十倍的数据,存储密度高出1000倍,并且与驱动器存储相同数量的数据所消耗的能量减少了1亿倍。而且,基于DNA的数据存储设备将很小:一年的全球数据价值只能存储在4克DNA中。


但是,使用DNA存储数据还涉及高昂的成本,极慢的写入和读取机制,并且容易出现误读。


纳米孔来拯救


一种方法是使用纳米孔,细菌经常将这些孔打入其他细胞以破坏它们。攻击细菌使用称为“形成孔的毒素”的特殊蛋白质,该蛋白质闭锁在细胞膜上并形成穿过其的管状通道。


在生物工程中,纳米孔用于“感测”生物分子,例如DNA或RNA。该分子像一根绳子一样穿过纳米孔,受电压控制,它的不同成分产生不同的电信号(“离子签名”),可以用来识别它们。并且由于其高精度,纳米孔也已被尝试用于读取DNA编码信息。


尽管如此,纳米孔仍然受到低分辨率读数的限制-如果曾经使用纳米孔系统来存储和读取数据,这将是一个真正的问题。


纳米孔的潜力启发了EPFL生命科学学院的科学家们,探索由细菌嗜水气单胞菌产生的成孔毒素气溶胶产生的纳米孔。由EPFL生命科学学院的Matteo Dal Peraro领导的研究人员表明,溶血素纳米孔可用于解码二进制信息。


在2019年,Dal Peraro的实验室证明纳米孔可用于感测蛋白质等更复杂的分子。在这项发表在《科学进展》上的研究中,研究小组与Alexandra Radenovic(EPFL工程学院)的实验室合作,对气溶素进行了改型,以检测专门为该孔读取的量身定制的分子。该技术已申请专利。


这种分子被称为“数字聚合物”,是在斯特拉斯堡CNRS研究所的查尔斯·萨德隆研究所的让·弗朗索瓦·卢茨实验室中开发的。它们是DNA核苷酸和非生物单体的组合,旨在通过气溶素纳米孔并发出可以被读出的电信号。


研究人员使用了溶菌素突变体来系统设计纳米孔,以读出其信息聚合物的信号。他们优化了聚合物通过纳米孔的速度,从而可以发出唯一可识别的信号。该论文的第一作者Cao Cao博士说:“但是,与传统的纳米孔读数不同,该信号提供了单位分辨率的数字读数,并且不影响信息密度。”


为了解码读出的信号,该团队使用了深度学习,这使他们可以高精度地解码聚合物中的多达4位信息。他们还使用该方法盲目识别聚合物混合物并确定其相对浓度。


该系统比使用DNA进行数据存储要便宜得多,并且使用寿命更长。另外,它是“可微型化的”,这意味着它可以轻松地合并到便携式数据存储设备中。


Matteo Dal Peraro说:“我们正在努力进行一些改进,以将这个受生物启发的平台转变为用于数据存储和检索的实际产品。” “但是这项工作清楚地表明,生物纳米孔可以读取混合的DNA-聚合物分析物。我们为基于聚合物的存储器打开了新的有希望的前景而感到兴奋,这对于超高密度,长期存储和设备便携性具有重要优势。”


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