布里斯托尔的科学家已经展示了一种新的虚拟现实VR技术，该技术应有助于开发针对SARS-CoV-2病毒的药物-并使研究人员能够以新方式共享模型并进行协作。由布里斯托大学的研究人员创建的创新工具，已发表在 《化学信息与模型杂志》上，它将帮助世界各地的科学家更快地确定抗病毒药物的线索。

SARS-CoV-2酶被称为主要蛋白酶（Mpro），是寻找新的抗病毒治疗方法的有希望的目标。阻止主要蛋白酶起作用的分子（称为酶抑制剂）会阻止病毒繁殖，因此可能是有效的药物。世界各地的研究人员正在努力寻找这种分子。药物有效性的关键预测指标是药物与靶标结合的紧密程度。知道一种药物如何适合蛋白质，有助于研究人员设计其结构的变化，使其结合更紧密。

布里斯托尔化学学院的艾德里安·穆赫兰德（Adrian Mulholland）教授和该研究的主要作者解释说：“我们已经证明，交互式虚拟现实可以模拟病毒蛋白和抑制剂与酶的结合方式。研究人员可以使用此工具来帮助了解酶的作用，并且还应了解潜在药物如何融入酶中。这将有助于设计和测试新的潜在药物线索。我们正在与整个社区共享这些模型。”

布里斯托尔团队已经开发了一个用于交互式“分子动力学”模拟的虚拟框架。这是一个名为Narupa的开源软件框架，它使用随时可用的VR设备。

在这项研究中，布里斯托（Bristol）团队创建了SARS-CoV-2 Mpro的3D模型结构，并在VR（iMD-VR）中使用交互式分子动力学模拟“深入”并可视化了与酶结合的分子。结果表明，用户能够显示药物分子如何适合酶。

Mulholland教授补充说：“目前，全球为识别新冠肺炎的药物线索开展了许多工作。我们的iMD-VR工具将成为宝贵的资源，为国际药物发现界提供虚拟合作，帮助预测潜在的药物线索如何结合到SARS-CoV-2目标的一个令人兴奋的方面是，它还允许研究人员以新的方式进行协作：使用云计算，他们可以同时在不同地点（甚至可能在不同地点）一起解决药物发现问题。不同的国家-在相同的虚拟分子环境中同时工作。”

艾莉森·德本威克·米勒（Alison Derbenwick Miller）表示：“药物与SARS-CoV-2穗突蛋白结合的计算模型对于推进全球抗击大流行至关重要。纳鲁帕通过虚拟现实中的分子动力学模拟将模型推向了一个全新的水平。” ，Oracle研究副总裁。“我们很高兴甲骨文的高性能云基础架构支持该创新框架的开发，并且现在正在帮助推进与全球相关的努力，以击败COVID-19。发展由云计算的研究人员组成的互联社区正是Oracle for Research的目标。被设计用来做。”

这项研究得到了EPSRC，皇家学会和英国抗菌化学疗法学会的资助。云学分由Oracle研究中心提供。

A Mulholland等人在《化学信息与模型杂志》（Journal of Chemical Information and Modeling）上发表的“虚拟现实中的交互式分子动力学（iMD-VR）是灵活的底物和抑制剂对接SARS-CoV-2主蛋白酶的有效工具”